Tweede pinksterdag 1911 was een belangrijke dag voor Denekamp en vooral meester Bernard Bernink. In een klein zaaltje, dat was gebouwd aan zijn woning, werd het eerste voor het publiek toegankelijke natuurmuseum van Nederland geopend. Een droom werd werkelijkheid. In 2011 bestaat Natura Docet 100 jaar!
Al snel werd het museum te klein en moest uitgebreid worden. Op 27 mei 1922 werd, speciaal voor dit doel een nieuw museum geopend op het adres Oldenzaalsestraat 39. Dit is nog steeds de vestigingsplaats van het museum.
In 1954 stierf meester Bernink en zijn dochter Heleen nam vervolgens het directeurschap over en vervulde deze functie 22 jaar. Samen met het bestuur zag zij kans om een provinciale status te verwerven. Tot op de dag van vandaag zijn de provincie Overijssel en de gemeente Dinkelland (voorheen Denekamp) als subsidiegevers onlosmakelijk met Natura Docet verbonden.
Natura Docet kreeg landelijke bekendheid met de grote Dino-expositie in 1991 (200.000 bezoekers) en de Walvissen-expositie in 1996 (60,000 bezoekers).
Van 2002-2005 vond een grondige renovatie en herinrichting van het museum plaats met financiele hulp van de Provincie Overijssel zowel als de gemeente Dinkelland. De heropening van het museum werd verricht door Commissaris van de Koningin mr. G. Jansen.
Het buitenterrein van het museum wordt als "belevingstuin" ingericht. Dit meerjarenproject wordt is in 2009 afgerond.